A organização do EBT 2012 procurou levar para dentro do evento, o clima da cidade de Natal, no Rio Grande do Norte, e a informalidade que é uma forte característica dos Encontros Brasileiros de Tireoide. O objetivo é criar um ambiente propício para uma aproximação entre os participantes.
Um lounge, antes da entrada oficial do evento, foi montada uma área com árvores, cadeiras e sofás, realmente um convite a troca de informações e contatos, além de uma pausa na correria das atividades.
Ao lado, foi montada a Sessão de Posters, que um momento especial para a apresentação dos trabalhos. O Happy Posters, realizado no fim do domingo, reuniu um grande número de participantes. Para a diretoria do Departamento e organizadores do EBT 2012, foi um sucesso de participação e a intenção de valorizar os jovens foi alcançada.Nas salas, durante as palestras, muita movimentação, salas cheias, mas com ótimo trânsito dos congressistas sem problemas nos acessos.
